Vương Doãn có tài nhưng được xem là người có tính tình kỳ quặc khiến nhiều quan lại không theo[1]. Bàn về việc xử lý tình huống sau khi giết được Đổng Trác, sử gia Lê Đông Phương cho rằng: khi Đổng Trác chết, Vương Doãn đã có được cơ hội xoay loạn thành trị mới; ông nên rộng lượng tha cho các bộ tướng của họ Đổng để thiết lập lại trật tự cho nhà Hán đã xáo trộn sau khởi nghĩa Khăn Vàng. Nhưng Vương Doãn, tuy không tự ý làm bậy, lại không xử trí thích hợp, kích động thù hằn giữa Lương châu và Trường An, khiến bỏ mất cơ hội trung hưng quốc thống, mất cả cơ hội duy trì trật tự ở vùng Tam Phụ[5][6].